10.12.08

Čudna beseda 'rate'

Angleščina ima besedo 'rate', ki je v slovarjih običajno prevedena kot 'stopnja', vendar v biokemiji 'rate' le redko res pomeni 'stopnjo'. Veliko pogosteje gre za hitrost reakcij. V seminarju, ki ga pravkar popravljam, piše:
Raziskava je pokazala, da se stopnja popravljalnega mehanizma NHEJ zelo poveča v celicah, ki vsebujejo zadostno količino proteina 53BP1.

Iz navedenega bi morda sklepali, da gre za neko stopnjo v večstopenjskem mehanizmu, vendar ni logično, da bi govorili o povečanju stopnje. Očitno bi bil pravi prevod: Raziskava je pokazala, da se hitrost popravljanja z mehanizmom NHEJ zelo poveča v celicah, ki vsebujejo zadostno količino proteina 53BP1. (Gre za enega od mehanizmov popravljanja prekinitev v dvoverižni molekuli DNA v živi celici.)

Rate, kar je bil gotovo uporabljeni izraz v izvirniku, v biokemiji srečamo v smislu kot ga na primer navaja Wikipedija za področje matematike - kot količnik, s katerim primerjamo dve meritvi. Pri encimski kinetiki tako na primer izrazimo hitrost nastajanja produkta (koncentracija produkta/čas), lahko pa bi šlo tudi za kakšen drug količnik, a redkeje.

15.5.07

Encim tirozin (?)

Ah, ti encimi. Včasih so res zapleteni in imajo čudna imena. A še, če so enostavna, so lahko težavna, sem ugotovil danes. V članku, ki je bil osnova za seminar o hibridnih molekulah med encimi in nanodelci, stvari niso prav preprosto predstavljene, tako da so študenti 3. letnika kemije imeli s temo precej problemov. Med drugim sem prebral tole:

V sorodni študiji so bile biokatalitske funkcije dveh encimov, tirozina in trombina preiskovane z CdSe/ZnS kvantnimi pikami. Tirozin-metil ester terminalni peptid, ki je imel specifično zaporedje za cepitev s trombinom je bil povezan na kvantne pike. Oksidacija tirozinskega preostanka z tironazo je generiralo derivat o-kinona : 1-DOPA , kar je znizalo luminiscenco kvatnih pik. Sledeča s trombinom stimulirana cepitev peptida in odstranitev kinonskih enot ( ki zniza luminiscenco ) je regenerirala fluorescenčne enote kvantnih pik.

Težka tema, težka slovenščina, težave s pravopisom in slovnico... Najprej pasivi, vejice, strešice in presledki, potem bo treba popraviti imena encimov (upam, da kdor to bere, ve, da tirozin ni encim, pač pa aminokislina) in način zapisovanja organskih spojin (glede tega imam vedno slab občutek, da kemijska terminologija in pravopis večkrat hodita po dveh tirih), potem pa se bo mogoče že dalo razumeti, za kaj gre.

Torej, pred vejico, dvopičjem, podpičjem, piko,... ni presledkov. Za odprtim in pred zaprtim oklepajem ni presledka. Presledki so pred odprtim in za zaprtim oklepajem (če tam ni drugega ločila, ki prepoveduje presledek) in za piko, vejico, podpičjem, piko,... Aminokisline po tem, ko se povežejo s peptidno vezjo, imenujemo (aminokislinski) ostanki, ne preostanki. Ponoviti bo treba tudi rabo predlogov s in z.

V sorodni raziskavi so s kvantnimi pikami CdSe/ZnS preučevali biokatalitične funkcije dveh encimov, tirozinaze in trombina. Na kvantne točke (QD) so vezali peptide, ki so imeli na koncu tirozin-metilester, vključevali pa so tudi zaporedje, ki ga cepi trombin. Tirozinaza je oksidirala tirozinski ostanek, pri čemer je nastal o-kinonski derivat L-DOPA, ta pa je utišal luminiscenco QD. Po cepitvi peptida s trombinom in odstranitvi enot kinonskega dušilca, so se ponovno vzpostavile fluorescenčne lastnosti kvantnih pik.

Je zdaj kaj bolj razumljivo? Priznam, še vedno je treba imeti nekaj (bio)kemijskega predznanja, a za ustni del seminarja ne bi smelo biti preveč zahtevno pripraviti razlago, ki ji bodo kolegi lahko sledili.

25.4.07

Bakterijski organi

Sicer verjetno velika večina ve, kaj so organi in da pri enoceličnih organizmih nikakor ne moremo govoriti o organih, tudi če gre za opravljanje nekih točno določenih biokemijskih funkcij... Zato me je malo presenetilo, malo pa razvedrilo, ko sem danes v seminarju prebral naslednji stavek:

Veliko protibakterijskih peptidov uniči bakterije s pomočjo lize membrane, nekateri pa se translocirajo skozi membrano in interagirajo z DNA ter organi, kot so mitohondriji, kar povzroči celično smrt.

Razlika med organi in organeli je očitna, stavek pa bi tudi sicer lahko bil bolj tekoč, na primer takole: Veliko protibakterijskih peptidov uniči bakterije tako, da lizirajo membrane, nekateri pa prehajajo skozi membrano in delujejo na DNA in organele (npr. mitohondrije), kar povzroči celično smrt.

P.S.: Seveda pa bakterije nimajo mitohondrijev, tako da drugi del stavka očitno velja za evkariontske celice...

29.3.07

We showed, we demonstrated...

Angleščina v strokovnih člankih je kar se načinov podajanja in besednega zaklada tiče pogosto precej poenostavljena, vseeno pa ohranja nekatere fraze, ki običajno na poseben način govorijo o tem, kako prepričani so avtorji v svoje trditve. Verjetno je najbolj znan začetek znanstvenega članka tisti, ki sta ga leta 1953 zapisala Watson in Crick v reviji Nature, ko sta definirala zgradbo dvojne vijačnice DNA: "We wish to suggest a structure..." - torej ne: določila sva zgradbo, ne: zgradba DNA je..., pač pa: želiva predlagati zgradbo - zelo olikano in previdno.

V seminarjih taka previdnost ni potrebna. V članku predstavljene rezultate predstavite kot pravilne, razen tam, kjer so avtorji sami ugotovili, da obstaja dvom o pravilnosti interpretacije. Seveda bi v primeru, da bi morali prevesti članek, morali na primeren način tudi v slovenščini povedati vse tiste vljudnosti in previdnosti, ki jih vsebuje izvirnik, v študentskih seminarjih pa to ni potrebno.

Razen previdnostnih in vljudnostnih fraz v člankih včasih najdemo veliko podobnih izrazov, ki jih nikar ne poskušajte prevajati dobesedno. Za primer bom vzel kar članek, ki je bil osnova za zadnji seminar, ki sem ga popravljal.

Povzetek se začne z: We show that ... - česar gotovo ne boste prevajali kot Mi kažemo da... - dosti bolj na mestu bi bil prevod Ugotovili smo, da... ali kaj podobnega. Podobno bi lahko prevedli frazo We have demonstrated that..., kar so pripravljalci seminarja res prevedli s Pokazali so, da... V slovenščini je pokazati običajno pokazati s prstom ali pokazati s primerom, v angleščini pa ima glagol demonstrate drugačen pomen. V Webstrovem slovarju je ena od razlag tale: to prove or make clear by reasoning or evidence; to illustrate and explain especially with many examples - temu pa po slovensko ne bi rekli ravno pokazati pač pa prej dokazati.

It is proposed that... je značilen primer zapisa, ki naj pove, da je napisano hipoteza, ki je dokaj resna, a se o njeni pravilnosti še ne strinjajo vsi. Lepa slovenščina ne prenese tega, kar so zapisali študenti kot prevod: Predlagano je, da... - na tem mestu predlagam prevod Predvidevajo, da...
V istem odstavku se je stavek začel z It is of interest that..., kar so študenti prevedli kar z V interesu je, da..., jaz pa sem jim popravil v Zanimivo je, da... Takoj naslednji odstavek pa se je začel z It has been shown that (podobno kot smo srečali že v povzetku) - prevod je bil Pokazano je bilo, da... in popravil sem v Ugotovili so, da..., vseeno pa je v primeru Our data show... čisto v redu, če v prevodu pustimo Naši rezultati kažejo....

Avtorji članka so v nadaljevanju morali postaviti hipotezo, ki bi razložila izmerjene vrednosti, pri tem pa so bili zelo previdni: This seems to suggest that X could stabilize the protein... Če bi prevajali dobesedno, bi se znašli v za slovenščino nenavadni previdnosti v izražanju: Zdi se, da to nakazuje, da bi X lahko stabiliziral protein, vendar je v našem jeziku dovolj pogojno povedano že, če rečemo npr. To bi lahko pomenilo, da X stabilizira protein.

Pri prevajanju izraza however imamo več možnosti, ki so od stavka do stavka lahko različne. Vseeno srečujem v prevodih tudi kakšne ne ravno posrečene izraze. Stavek However, delay in tetramer formation could still lead to aggregate formation so študenti prevedli s Kakorkoli, odložitev v formaciji tetramerov lahko še vedno vodi do formacije agregatov. Seveda sem najprej popravil besedo formacija v nastanek, odložitev v zakasnitev, še vedno pa kakorkoli ni bil pravi izraz. Moj končni prevod je bil: Vendarle pa zakasnitev pri nastajanju tetramerov še vedno lahko vodi do nastanka agregatov. Sicer je however lahko tudi kaj drugega kot vendar(le), na primer toda, lahko pa ga tudi spustimo ali nadomestimo s pa, ki nakazuje rahlo nasprotovanje (npr. However, this is not always the case bi lahko prevedli s To pa ni vedno tako).

27.3.07

Apoptosija

Vem, da je včasih seminar resen izziv znanju in sposobnosti razumevanja in da včasih uspe, včasih pa ne uspe zadeti bistva. Pri tem bi rad (ponovno) opozoril, da v delih, ki jih ne razumete, premislite, ali je ta del res ključen za razumevanje. Pogosto imam občutek, da je prevajanje na silo nečesa, o čemer nimate prave predstave, izguba časa in truda. Danes sem prebral tole:
V študijah miši s pomanjkanjem RR so ugotovili, da je pomanjkanje tega inhibitorja povezano z znaki možganskih granularne celične apoptosije (propadom celice).

V članku sem našel originalni stavek:
In studies of RR-deficient mice, lack of this inhibitor was found to be associated with signs of cerebellar granular cell apoptosis.

Kaj vse je bilo torej narobe?
RR-deficient mice ... običajno ta izraz pomeni, da so analize delali na miših, ki so jim inaktivirali (izbili) gen za nek protein in torej ni šlo samo za pomanjkanje, pač pa odsotnost funkcionalnega gena in posledično proteina.
cerebellar ... nanaša se na male možgane, ne na možgane nasploh
granular cell ... zrnate celice - poseben tip malih živčnih celic v malih možganih
apoptosis ... apoptoza - točno določen programiran način celične smrti z značilno kaskado kataliziranih procesov

Pravilen prevod bi bil torej:
Pri miših brez inhibitorja RR so ugotovili, da je prišlo do apoptoze zrnatih celic v malih možganih.