Biokemijski seminar

Čudna beseda 'rate'

2008-12-10T09:23:00.003+01:00

Angleščina ima besedo 'rate', ki je v slovarjih običajno prevedena kot 'stopnja', vendar v biokemiji 'rate' le redko res pomeni 'stopnjo'. Veliko pogosteje gre za hitrost reakcij. V seminarju, ki ga pravkar popravljam, piše:
Raziskava je pokazala, da se stopnja popravljalnega mehanizma NHEJ zelo poveča v celicah, ki vsebujejo zadostno količino proteina 53BP1.

Iz navedenega bi morda sklepali, da gre za neko stopnjo v večstopenjskem mehanizmu, vendar ni logično, da bi govorili o povečanju stopnje. Očitno bi bil pravi prevod: Raziskava je pokazala, da se hitrost popravljanja z mehanizmom NHEJ zelo poveča v celicah, ki vsebujejo zadostno količino proteina 53BP1. (Gre za enega od mehanizmov popravljanja prekinitev v dvoverižni molekuli DNA v živi celici.)

Rate, kar je bil gotovo uporabljeni izraz v izvirniku, v biokemiji srečamo v smislu kot ga na primer navaja Wikipedija za področje matematike - kot količnik, s katerim primerjamo dve meritvi. Pri encimski kinetiki tako na primer izrazimo hitrost nastajanja produkta (koncentracija produkta/čas), lahko pa bi šlo tudi za kakšen drug količnik, a redkeje.

Encim tirozin (?)

2007-05-15T10:42:00.000+02:00

Ah, ti encimi. Včasih so res zapleteni in imajo čudna imena. A še, če so enostavna, so lahko težavna, sem ugotovil danes. V članku, ki je bil osnova za seminar o hibridnih molekulah med encimi in nanodelci, stvari niso prav preprosto predstavljene, tako da so študenti 3. letnika kemije imeli s temo precej problemov. Med drugim sem prebral tole:

V sorodni študiji so bile biokatalitske funkcije dveh encimov, tirozina in trombina preiskovane z CdSe/ZnS kvantnimi pikami. Tirozin-metil ester terminalni peptid, ki je imel specifično zaporedje za cepitev s trombinom je bil povezan na kvantne pike. Oksidacija tirozinskega preostanka z tironazo je generiralo derivat o-kinona : 1-DOPA , kar je znizalo luminiscenco kvatnih pik. Sledeča s trombinom stimulirana cepitev peptida in odstranitev kinonskih enot ( ki zniza luminiscenco ) je regenerirala fluorescenčne enote kvantnih pik.

Težka tema, težka slovenščina, težave s pravopisom in slovnico... Najprej pasivi, vejice, strešice in presledki, potem bo treba popraviti imena encimov (upam, da kdor to bere, ve, da tirozin ni encim, pač pa aminokislina) in način zapisovanja organskih spojin (glede tega imam vedno slab občutek, da kemijska terminologija in pravopis večkrat hodita po dveh tirih), potem pa se bo mogoče že dalo razumeti, za kaj gre.

Torej, pred vejico, dvopičjem, podpičjem, piko,... ni presledkov. Za odprtim in pred zaprtim oklepajem ni presledka. Presledki so pred odprtim in za zaprtim oklepajem (če tam ni drugega ločila, ki prepoveduje presledek) in za piko, vejico, podpičjem, piko,... Aminokisline po tem, ko se povežejo s peptidno vezjo, imenujemo (aminokislinski) ostanki, ne preostanki. Ponoviti bo treba tudi rabo predlogov s in z.

V sorodni raziskavi so s kvantnimi pikami CdSe/ZnS preučevali biokatalitične funkcije dveh encimov, tirozinaze in trombina. Na kvantne točke (QD) so vezali peptide, ki so imeli na koncu tirozin-metilester, vključevali pa so tudi zaporedje, ki ga cepi trombin. Tirozinaza je oksidirala tirozinski ostanek, pri čemer je nastal o-kinonski derivat L-DOPA, ta pa je utišal luminiscenco QD. Po cepitvi peptida s trombinom in odstranitvi enot kinonskega dušilca, so se ponovno vzpostavile fluorescenčne lastnosti kvantnih pik.

Je zdaj kaj bolj razumljivo? Priznam, še vedno je treba imeti nekaj (bio)kemijskega predznanja, a za ustni del seminarja ne bi smelo biti preveč zahtevno pripraviti razlago, ki ji bodo kolegi lahko sledili.

Bakterijski organi

2007-04-25T10:53:00.001+02:00

Sicer verjetno velika večina ve, kaj so organi in da pri enoceličnih organizmih nikakor ne moremo govoriti o organih, tudi če gre za opravljanje nekih točno določenih biokemijskih funkcij... Zato me je malo presenetilo, malo pa razvedrilo, ko sem danes v seminarju prebral naslednji stavek:

Veliko protibakterijskih peptidov uniči bakterije s pomočjo lize membrane, nekateri pa se translocirajo skozi membrano in interagirajo z DNA ter organi, kot so mitohondriji, kar povzroči celično smrt.

Razlika med organi in organeli je očitna, stavek pa bi tudi sicer lahko bil bolj tekoč, na primer takole: Veliko protibakterijskih peptidov uniči bakterije tako, da lizirajo membrane, nekateri pa prehajajo skozi membrano in delujejo na DNA in organele (npr. mitohondrije), kar povzroči celično smrt.

P.S.: Seveda pa bakterije nimajo mitohondrijev, tako da drugi del stavka očitno velja za evkariontske celice...

We showed, we demonstrated...

2007-03-29T15:38:00.000+02:00

Angleščina v strokovnih člankih je kar se načinov podajanja in besednega zaklada tiče pogosto precej poenostavljena, vseeno pa ohranja nekatere fraze, ki običajno na poseben način govorijo o tem, kako prepričani so avtorji v svoje trditve. Verjetno je najbolj znan začetek znanstvenega članka tisti, ki sta ga leta 1953 zapisala Watson in Crick v reviji Nature, ko sta definirala zgradbo dvojne vijačnice DNA: "We wish to suggest a structure..." - torej ne: določila sva zgradbo, ne: zgradba DNA je..., pač pa: želiva predlagati zgradbo - zelo olikano in previdno.

V seminarjih taka previdnost ni potrebna. V članku predstavljene rezultate predstavite kot pravilne, razen tam, kjer so avtorji sami ugotovili, da obstaja dvom o pravilnosti interpretacije. Seveda bi v primeru, da bi morali prevesti članek, morali na primeren način tudi v slovenščini povedati vse tiste vljudnosti in previdnosti, ki jih vsebuje izvirnik, v študentskih seminarjih pa to ni potrebno.

Razen previdnostnih in vljudnostnih fraz v člankih včasih najdemo veliko podobnih izrazov, ki jih nikar ne poskušajte prevajati dobesedno. Za primer bom vzel kar članek, ki je bil osnova za zadnji seminar, ki sem ga popravljal.

Povzetek se začne z: We show that ... - česar gotovo ne boste prevajali kot Mi kažemo da... - dosti bolj na mestu bi bil prevod Ugotovili smo, da... ali kaj podobnega. Podobno bi lahko prevedli frazo We have demonstrated that..., kar so pripravljalci seminarja res prevedli s Pokazali so, da... V slovenščini je pokazati običajno pokazati s prstom ali pokazati s primerom, v angleščini pa ima glagol demonstrate drugačen pomen. V Webstrovem slovarju je ena od razlag tale: to prove or make clear by reasoning or evidence; to illustrate and explain especially with many examples - temu pa po slovensko ne bi rekli ravno pokazati pač pa prej dokazati.

It is proposed that... je značilen primer zapisa, ki naj pove, da je napisano hipoteza, ki je dokaj resna, a se o njeni pravilnosti še ne strinjajo vsi. Lepa slovenščina ne prenese tega, kar so zapisali študenti kot prevod: Predlagano je, da... - na tem mestu predlagam prevod Predvidevajo, da...
V istem odstavku se je stavek začel z It is of interest that..., kar so študenti prevedli kar z V interesu je, da..., jaz pa sem jim popravil v Zanimivo je, da... Takoj naslednji odstavek pa se je začel z It has been shown that (podobno kot smo srečali že v povzetku) - prevod je bil Pokazano je bilo, da... in popravil sem v Ugotovili so, da..., vseeno pa je v primeru Our data show... čisto v redu, če v prevodu pustimo Naši rezultati kažejo....

Avtorji članka so v nadaljevanju morali postaviti hipotezo, ki bi razložila izmerjene vrednosti, pri tem pa so bili zelo previdni: This seems to suggest that X could stabilize the protein... Če bi prevajali dobesedno, bi se znašli v za slovenščino nenavadni previdnosti v izražanju: Zdi se, da to nakazuje, da bi X lahko stabiliziral protein, vendar je v našem jeziku dovolj pogojno povedano že, če rečemo npr. To bi lahko pomenilo, da X stabilizira protein.

Pri prevajanju izraza however imamo več možnosti, ki so od stavka do stavka lahko različne. Vseeno srečujem v prevodih tudi kakšne ne ravno posrečene izraze. Stavek However, delay in tetramer formation could still lead to aggregate formation so študenti prevedli s Kakorkoli, odložitev v formaciji tetramerov lahko še vedno vodi do formacije agregatov. Seveda sem najprej popravil besedo formacija v nastanek, odložitev v zakasnitev, še vedno pa kakorkoli ni bil pravi izraz. Moj končni prevod je bil: Vendarle pa zakasnitev pri nastajanju tetramerov še vedno lahko vodi do nastanka agregatov. Sicer je however lahko tudi kaj drugega kot vendar(le), na primer toda, lahko pa ga tudi spustimo ali nadomestimo s pa, ki nakazuje rahlo nasprotovanje (npr. However, this is not always the case bi lahko prevedli s To pa ni vedno tako).

Apoptosija

2007-03-27T23:16:00.000+02:00

Vem, da je včasih seminar resen izziv znanju in sposobnosti razumevanja in da včasih uspe, včasih pa ne uspe zadeti bistva. Pri tem bi rad (ponovno) opozoril, da v delih, ki jih ne razumete, premislite, ali je ta del res ključen za razumevanje. Pogosto imam občutek, da je prevajanje na silo nečesa, o čemer nimate prave predstave, izguba časa in truda. Danes sem prebral tole:
V študijah miši s pomanjkanjem RR so ugotovili, da je pomanjkanje tega inhibitorja povezano z znaki možganskih granularne celične apoptosije (propadom celice).

V članku sem našel originalni stavek:
In studies of RR-deficient mice, lack of this inhibitor was found to be associated with signs of cerebellar granular cell apoptosis.

Kaj vse je bilo torej narobe?
RR-deficient mice ... običajno ta izraz pomeni, da so analize delali na miših, ki so jim inaktivirali (izbili) gen za nek protein in torej ni šlo samo za pomanjkanje, pač pa odsotnost funkcionalnega gena in posledično proteina.
cerebellar ... nanaša se na male možgane, ne na možgane nasploh
granular cell ... zrnate celice - poseben tip malih živčnih celic v malih možganih
apoptosis ... apoptoza - točno določen programiran način celične smrti z značilno kaskado kataliziranih procesov

Pravilen prevod bi bil torej:
Pri miših brez inhibitorja RR so ugotovili, da je prišlo do apoptoze zrnatih celic v malih možganih.

RNA-polimeraze

2007-03-20T20:31:00.000+01:00

Danes bi rad predvsem (ponovno) opozoril, kako pomembno je, da razumete, kar pišete oziroma kar prevajate. V seminarju o zgradbi kompleksov z RNA-polimerazo sem danes prebral naslednji stavek:
Če vpliv zanka prevlada se RNA velika zamakne, kar povzroči prekinitev reakcije, če pa vpliv RNA verige prevlada se zamakne zanka, skupaj s TFII in promotorjem DNA, kar omogoča RNA polimerazi da uide promotorju in se začne podaljševati.

Kje bi začel popravljati, da bi stavek kaj povedal? Tri dodatne vejice bi verjetno znali vstaviti na prava mesta (?), ostane še par velikih površnosti (RNA velika = veriga RNA), vrstni red besed,... pa vendar: ali lahko nekdo, ki pripravlja seminar iz RNA-polimeraze napiše, da encim uide promotorju in se začne podaljševati?

Krožna dikroizma

2006-11-29T11:35:00.000+01:00

Res, da poskušam svoje študente prepričati, da za veliko (navidez) zapletenih angleških strokovnih izrazov lahko najdemo ustrezne prevode, ni pa treba pretiravati pri tehničnih izrazih. Danes popravljam seminar, v katerem študenti spektroskopsko metodo cirkularni dikroizem prevajajo s krožno dikroizmo, kar se sliši milo rečeno zelo čudno.

V istem seminarju poskušajo tudi izraz 'nativna struktura' prevesti kot 'prvotna struktura'. Nativen je v biokemiji več kot samo prvoten; je pravilno zvit in aktiven, je tak, kot je v naravi, preden ga izoliramo (če imamo srečo, pa ima enake lastnosti tudi, ko ga očistimo), zato izraz 'prvoten' ne more vključevati vseh tistih pomenov, ki jih ima beseda 'nativen'.

Terminalni konec

2006-11-13T16:07:00.000+01:00

November, ko se spet začne popravljanje seminarjev za študente 2. letnika Biokemije. Vidim, da so nekateri že prebrali stare zapise na tem blogu in se izognili pastem pri prevajanju. Še vedno pa so seminarji vsi popisani z mojimi popravki. Počasi se s tem že sprijaznjujem (ali je to slovensko?) in si mislim, da se boste vsaj do absolventskega staža že še popravili. Se vidi, da že dolgo nisem popravljal diplom...

Niti ni tako važno, o čem pripoveduje seminar, ki ga trenutno popravljam. Po svoje sem zadovoljen, ker se slovenski seminar ne začne s prevodom prvega stavka v članku in konča nekje na sredini razprave. Študenti so torej razumeli, da morajo s seminarjem razložiti snov, ne pa samo prevesti članka.

Ker pa je ta blog predvsem o napakah, naj se jih kar lotim. V uvodu piše med drugim tole: Protein XX potuje v citosol, kadar je povezan z GFP preko C-terminalnega konca in potuje v jedro, kadar je povezan z GFP preko N-terminalnega konca. Kako je torej s temi konci in terminali? N-terminus je N-konec in C-terminus je C-konec. Laboratorijski žargon, da govorimo o N- in C-terminalnih aminokislinah, se je tako razširil, da študentje mislijo, da sta N- in C- vedno samo v kombinaciji z besedo 'terminalni' in zato prevajajo konce s terminalnimi konci.

Pozabljeni primeri

2006-05-26T15:18:00.000+02:00

Semester gre h koncu in čas je, da začnem pospravljati mizo, na kateri se je nabralo na kupe papirjev, ki jih zaradi priprav in pouka ni bilo časa pregledati sproti. Tako sem naletel tudi na nekaj izpisanih primerov napak iz seminarja, ki sem ga popravljal enkrat pozimi. Če se prav spomnim, je šlo za molekularne osnove neke možganske bolezni, vendar se mi je zdelo, da bodo primeri poučni za vse, ki pripravljajo seminarje.

V članku, ki je bil osnova za pripravo seminarja, so med drugim omenjali encim 'protein kinase-like endoplasmic reticulum kinase'. V seminarju je bilo to ime prevedeno kot 'proteinska kinaza podobna kinazi endoplazemskega retikuluma', kar pa ni pravilno. Čeprav se zdi angleško ime neprijetno zapleteno, je mogoče slovenski prevod narediti dokaj enostavno. Kaj počne encim? Encim je kinaza, torej fosforilira druge molekule. Kje ga najdemo? V endoplazemskem retikulumu. Ostane samo še prvi del izraza, ki pa ne pomeni nič drugega kot to, da je encim podoben protein-kinazi. Pravilni prevod bi torej bil: protein-kinazi podobna kinaza endoplazemskega retikuluma. Prevod iz seminarja je napačen vsaj v dveh točkah: ne govorimo o proteinski kinazi (vsaka kinaza, če ne bi bila ravno ribocimska, je proteinska), pač pa o protein-kinazi (pomeni, da fosforilira proteine, ne pa na primer ADP) in kinaza, o kateri govorimo, ni podobna kinazi ER, pač pa je v resnici kinaza ER, ki je podobna protein-kinazi. 'Naša' kinaza torej ni protein-kinaza.

Precej nerodnosti je bilo tudi pri prevodu stavka "Cells were grossly impaired in their ability to respond to ER stress", saj je v seminarju pisalo "Celična zmožnost odzivanja na pritisk ER je bila skrajno oškodovana". Pravilno bi bilo na primer "Celice so se zelo slabo odzivale na stresne razmere v ER". Slovar včasih bolj škodi kot koristi, je pa jasno, da stavek iz seminarja nikakor ni bil podoben resni slovenščini (če nič drugega).

Še en primer, kako je razumevanje smisla pomembno za pravilen prevod, je tale: "It is still not clear why mutations in ubiquitously expressed genes should affect ovary and brain primarily". V seminarju je bil prevod naslednji: "Vzrok za primaren vpliv, ki ga imajo mutacije v široko izraženih genih na jajčnike in možgane, je še vedno neznan". Nekaj težav je bilo z izrazom 'ubiquitously expressed', saj je izraz 'široko izražen' neposrečen. Gre za gene, ki se izražajo v večini tkiv ali v vseh tkivih in verjetno bi bilo bolje reči, da gre za 'splošno izražene' gene. Kam pa spada beseda 'primarily'? Mislim, da bi bilo dosti bolj prav, če bi angleški stavek prevedli s "Še vedno ni jasno, zakaj mutacije v splošno izraženih genih predvsem prizadanejo jajčnike in možgane".

In za konec: "It is possible that some mutations might exert multiple effects", kar je bilo prevedeno kot "Možno je uveljavljanje multiplih učinkov s strani nekaterih od mutacij". Ne vem, zakaj je bilo potrebno tako zaplesti prevod, ko bi bilo dosti bolj enostavno reči "Možno je, da imajo nekatere mutacije več različnih učinkov".

Potrebušnica nevtrofilnih jeder

2006-05-15T11:06:00.000+02:00

Kemikom rad dam za seminar kakšno bolj aplikativno temo in tako, da vidijo, da je biokemija povsod. Pri tem pa se hočeš-nočeš srečajo tudi z zapletenostjo živega sveta in z izrazi, ki jim večkrat niso kos. Vseeno mislim, da bi se izmazali, če bi bolje razmislili, o čem v virih pišejo.

Današnji primer je prav značilen, čeprav za biologa 'hujši' kot običajno. V olju kurkume so našli snov, ki deluje protivnetno in to je v članku opisano takole:
Ammon et al., (1992) demonstrated curcumin as an inhibitor of leucotriene formation in rat
peritoneal polymorph nuclear neutrophils. Pri pripravi seminarja pa se je zapisalo tole:
Ne dolgo nazaj so prikazali kurkumin tudi kot inhibitor tvorjenja levkotrienov v potrebušnici polimorfnih nevtrofilnih jeder podgan. Če pustimo ob strani, da leto 1992 niti ni bilo tako nedavno in da ni prav lepo govoriti, da so molekulo prikazali kot inhibitor in da tvorjenje kadar se le da nadomestimo s kakšno drugo besedo, na primer nastajanje, še vedno ostane v nebo vpijoč izraz potrebušnica polimorfnih nevtrofilnih jeder podgan.
V podobnih primerih se (skoraj) vedno vprašam, ali bi študent moral vedeti, kaj izraz pomeni. Tokrat mislim, da bi lahko vedel, ampak če se tega ni naučil v srednji šoli, se najbrž ni imel kje... Mogoče tudi ni treba, da pozna pravi izraz, moral pa bi vedeti, da jedra nimajo potrebušnice in da je treba prevod narediti drugače. Nevtrofilci s polimorfnimi jedri se v slovenščini imenujejo segmentirani nevtrofilci (nevtrofilci so največja skupina levkocitov). Torej, pravilen prevod bi bil: Kurkumin zavira nastajanje levkotriena v segmentiranih nevtrofilcih v podganji potrebušnici.

Na težave z razumevanjem krvnih celic kaže tudi prevod v naslednjem odstavku, kjer so eritrocitne membrane (erythrocyte membranes) prevedli z eritrociklične membrane. Zamisliti bi se bilo tudi treba nad stavkom: Izkazalo se je, da kurkumin ščiti hemoglobin pred oksidacijo z nitrati do metiliranega hemoglobina. Kako bi nitrati oksidirali na način, da bi metilirali hemoglobin? Seveda gre za napačen prevod in/ali hitro sklepanje. Pri hemoglobinu (ki ima v hemu vezano železo 2+) lahko pride do oksidacije v methemoglobin (z vezanim Fe 3+), ta pa ne more več vezati kisika in je zato nefunkcionalen. Methemoglobin ni metilirana oblika hemoglobina!

Grški ključ

2006-04-25T09:13:00.000+02:00

Najbolj neposrečeno je, kadar seminar na osnovi članka študenti naredijo tako, da prevedejo ves članek, od prve do zadnje črke. To preprosto rečeno nima nobenega smisla. Seminar je seminar, torej nekakšna predstavitev nekega posebnega področja in predstavitve niso nobene predstavitve, če so dobesedni prevodi.

Od Grškega ključnega motiva 3, je bilo predvideno da je mesto, kjer se vežejo ogljikovi hidrati zelo zaščiteno pri obeh N-terminalnih in C-terminalnih CRD-jih v CCA in CRLL, ter da vsi ti CRD-ji po vsej verjetnosti ohranijo zmožnost vezave sladkorjev. [Since Greek key motif 3, a region assumed to form a carbohydrate-binding site, is highly conserved in both N-terminal and C-terminal CRDs in CCA and CRLL, all of these CRDs are likely to maintain a sugar-binding function.] Če pustimo ob strani pravopisne napake, vseeno upam, da vidite, da ta stavek ne pove ničesar. Že iz predhodnega besedila sicer poznamo kratice: CRD so prepoznavne domene za ogljikove hidrate, CCA in CRLL pa sta dva različna lektina. No, da stvari ne raztezam v nedogled... moj prevod, ki bi se ga dalo še precej pobrusiti, je: Ker je motiv grškega ključa 3, to je predel, ki verjetno predstavlja vezavno mesto za ogljikove hidrate, zelo ohranjeno tako na N- kot na C-končnem CRD-ju CCA in CRLL, je zelo verjetno, da vsi ti CRD-ji tudi v resnici vežejo sladkorje. Vprašanje, ki se tu postavlja, je, ali ta stavek (tudi v izvirniku) sploh kaj pove in če, ali ne bi bilo tega mogoče povedati bolj preprosto, pa čeprav v dveh stavkih. Mislim, da bi vam večini biokemikov to moralo uspeti brez velikih težav.

In takoj za tem še en strel v prazno: Iz tega sledi, da je razdelitev podobnih tipov molekul v ne- sorodno klasificiranih rastlinah osnovno pomembno biološko vprašanje pri zaporedno ponovljivih tipih mJRL- jih. [Thus, distribution of a similar type of molecule in taxonomically unrelated platns raises a basic question about the biological significance of tandem repeat-type mJRLs.] Če poslovenim: Prisotnost podobnih tipov molekul v taksonomsko nesorodnih rastlinah sproža vprašanje biološkega pomena mJRL-jev s tandenskimi ponovitvami.

S tem v zvezi, obstajajo nekatere vrste dokazov o mJRL-jih, na katere lahko sklepamo iz obdelave z metil-jasmonatom ali s solmi. [In this context, there are some lines of evidence that certain JRLs are induced by treatment with methyl jasmonate or salt stress.] S tem v zvezi obstajajo dokazi, da je nekatere mJRL-je mogoče inducirati z metiljasmonatom ali s solnim stresom. Če nič drugega bi lahko rekel, da študenti po končanih predavanjih iz biokemije (res pa da pred opravljenim izpitom) ne poznajo pojma indukcije izražanja genov...

Tako pripravljeni proteini so bili imobilizirani na N-hidroksisukcinimid aktivirani agarozni matrici in ta dobljena smola je bila natlačena v miniaturne kolone. Angleški izvirnik verjetno ni potreben, gotovo pa pakiranje kolone (mogoče res lepše: polnjenje kolone) ne more biti tlačenje kolone. Za povrhu so imele uporabljene kolone volumen vsega dobrih 30 mikrolitrov. Potem pa pasiv, matrica namesto matriks, ...

Samo še eno tako malo porcijo čudne biokemije bom citiral. Nagnjenja ki so bila opažena tukaj so prav tako ključnega pomena kakor tista pri CCA. [The tendency observed here is essentially the same as that observed for CCA.]

Za popravljanje takega seminarja, ki je (v nasprotju z dogovorom) dolg 10 strani, čeprav bi naj jih imel vsega 6, porabim okrog 8 ur. Verjetno bi študenta, ki sta ta seminar pripravila, rekla, da sta onadva za to porabila cel teden in da je moj vložek pri tem skoraj zanemarljiv, vendar se s tem ne morem strinjati. Seminarje je treba pripraviti ne kot prevode izvirnikov, pač pa kot razlago. Razložiti je mogoče samo nekaj, kar sami razumemo. Če česa ne razumemo, si poskušamo razjasniti s pomočjo drugih virov ali pa vprašamo koga, ki se na stvar bolje pozna. Zapletenih podrobnosti ne razlagamo. Mislimo na to, kaj bodo od seminarja z neštetimi podrobnostmi odnesli kolegi. Verjetno nič. In za to je škoda vašega tedna in mojih 8 ur.

(26.4.)
Eh, sem mislil, da bom že končal s tem seminarjem, pa sem tik pred koncem, ko sem se že skoraj pomiril s sabo in svetom, našel še eno, potrebno omembe:
To dejstvo namiguje na to, da so sterične ovire večje pri tvorbi "dvojne aksialne" povezave (npr. med C1-alfa-OH nereducirajoče terminalne manoze in C2-OH reducirajoče terminalne manoze v Man-alfa1-2Man) kot v primeru "ekvatorialne-aksialne" povezave (npr. pri tvorbi GlcNAc-beta1-2Man).
Mi kdo lahko namigne, kaj to pomeni, preden grem na zaslužen podaljšani vikend?

... ki na konec koncev niti ni bil tako zelo podaljšan kot je najprej kazalo... ampak za to je krivo enkrat za spremembo vreme, ne (samo) seminarji.

Laboratorijska dela

2006-04-04T08:58:00.000+02:00

Pogosta napaka pri pisanju seminarjev je dobesedno prevajanje. Na uvodnih seminarjih vam skušam povedati, da je treba članke brati po odstavkih in potem napisati vsebino s svojimi besedami, ne pa se zapičiti v posamezne stavke in jih na vsak način čimbolj natančno prevesti.

Pri seminarju, ki ga popravljam danes, je problem prav v tem, čeprav sem dobil občutek, da so se potrudili vsaj toliko, da so nekaj balasta iz angleškega izvirnika dokaj smiselno izpustili. Primer 'nenaravne' slovenščine, ki je rezultat vztrajanja pri angleški zasnovi stavka je tole:
Začetna laboratorijska dela prikazujejo možnosti in omejitve te nove alternativne poti, ne omenjajo pa težav pri pripravi homogenega in stabilnega prekurzorja. (Early laboratory work demonstrates the potential and also the limitations of this alternative process route, but insufficiently emphasizes the difficulty of making homogenous and consistent precursors.) Kaj nam angleški stavek pove? Da so na začetku dela v laboratoriju sicer ugotovili, katere so možnosti in omejitve postopka, težave pri delu pa so malo zamolčali. Še najbolj lahko dvomimo o tem, kaj je 'early laboratory work' - to bi lahko pomenilo prve poskuse v laboratoriju (pred mnogo leti), lahko so to preliminarni poskusi, ki so jih komaj dobro opravili, vendar bi glede na to, da naj bi tam 'nezadostno poudarili težave', še najbolj logično sklepali, da gre za nek članek, v katerem prvič opisujejo postopek. Problem je edino v tem, da avtorji preglednega članaka ne citirajo nobenega dela. Vseeno predlagam, da stavek prevedete v temle smislu: Rezultati prvih laboratorijskih poskusov so pokazali možnosti in omejitve alternativne poti procesiranja, niso pa dovolj poudarili težav pri pripravi homogenega prekurzorja. Ni idealno, priznam, je pa bolje od 'začetnih laboratorijskih del'. Angleški 'homogenous and consistent' po mojem ni nič kaj dosti več kot 'homogen'; konsistenten je skladen, ustrezen, celovit, pri pripravi virusom podobnih delcev (o tem govori članek) pa je glavni problem prav nehomogenost (razlike v velikosti in sestavi delcev).

Razlog za trenutno potrebo VLP-jev na trgu je predvsem uporaba le-teh kot cepivo. (The current market demand for VLPs is primarily as producst for vaccination.) Pri trgu običajno govorimo o ponudbi in povpraševanju, zato bi bilo tu treba reči: Razlog za sedanje povpraševanje po VLP-jih je predvsem njihova uporaba za cepiva. O 'le-tem' bi se ravno tako dalo reči to in ono, saj se mi zdi, da je raba precej arhaična in se ji da v veliki večini primerov izogniti s kakšnim 'ki' ali čim podobnim. Namesto 'le-teh' največkrat lahko rečemo 'teh' in samo zelo poredko je stavek napeljan tako, da samo 'teh' pušča dvom o tem, katere mislimo (če v predhodnem stavku omenjamo dvoje). Preveč abstraktno? Morda ob naslednjih seminarjih najdem kakšen primer.

Tole je pa prav posebna cvetka: Pseudoviruse se proizvajajo v celicah sesalcev (insekti, kvasovke). Mogoče kemiki res rabijo v prvem letniku kakšen uvod v biologijo, da jim ne bi prišli na misel takile stavki.

V nadaljevanju je bilo še vsaj pol ducata čudno-čudnih izjav, ki so delno posledica sestavljanja treh angleških stavkov v enega slovenskega, ki je na koncu kljub dolžini ostal brez glave in samo z dolgim repom. Ker pa me preganja čas, razglabljanje danes odpade.

Klinične raziskave

2006-01-04T09:30:00.000+01:00

Klinične raziskave, ki jih predstavljajo pretežno v medicinsko orientiranih revijah, se v marsičem razlikujejo od običajnih biokemijskih člankov. Predvsem je pogosto bistveno bolj poudarjena statistična obdelava rezultatov - tega v klasičnih raziskovalnih člankih s področja biokemije skoraj nikoli ne srečamo.

V seminarjih je zato odveč opisovati najrazličnejše statistične metode in detajle, razen če veste, da jih boste kolegom lahko razložili na razumljiv način in so za razumevanje celote v resnici odločilni.

Enako velja za imena zdravil, ki najbrž kolegom ne bodo veliko povedala (medicincem pa bi, zato so tudi v članku). Poskusite raje povedati, za kakšno vrsto zdravil gre (antibiotiki, kortikosteroidi, ipd.), ne pa naštevati imen.

Imena bolezni poskusite prevesti. Obstaja sicer medicinski terminološki slovar, ki pa ni klasičen angleško-slovenski slovar (kot je biokemijski), zato je pravo ime pogosto težko najti, pa tudi knjige ne boste našli ravno kjerkoli, na spletu pa slovarja ni. Včasih lahko ime preverite na internetu preko študijskega gradiva študentov Medicinske fakultete UL.

Rekombinantni proteini

2006-01-02T20:32:00.000+01:00

Članki, ki opisujejo predvsem pripravo rekombinantih proteinov, so pri mojih seminarjih sorazmerno redki, ker vem, da boste morali seminarje pripraviti še preden bom uspel o tehnikah rekombinantne DNA v resnici odpredavati. Zato so izbrani članki običajno zelo preprosti ali pa je pri njih poudarek na metodah izolacije in določitve biokemijskih lastnosti izoliranih proteinov.

Pri seminarju, ki ga pregledujem zdajle, je seveda veliko napak, ki niso povezani z metodami in jih bom omenil spotoma, saj se z njimi prej ko slej utegne srečati še kdo.

E.coli je sicer v molekularni biologiji skoraj kot en sam pojem, ki predstavlja več kot golo ime bakterije, vseeno pa ni razloga, da bi izraz pisali skupaj in pokončno. Pravilno bi še vedno bilo, da ob prvi omembi bakterije izpišemo ime bakterije s polnim imenom in poštevno (Escherichia coli), v nadaljevanju pa lahko okrajšano, a še vedno s presledkom in poševno (E. coli). Ker je s sklanjanjem tujk v slovenščini stvar malo zoprna (in se v resnici praviloma ne sklanjajo, zato lahko pride do nekako neizdealnih stavkov), si pri uvedbi sklona pomagamo tako, da originalno besedilo razširimo z omembo skupine organizmov, ki ji vrsta, o kateri govorimo, pripada. Naslov članka so študenti v današnjem primeru prevedli takole: Izražanje topnega, biološko aktivnega rekombinantnega človeškega endostatina v Escherichia coli. V tem primeru bi bilo najbolje reči "... endostatina v bakterijah Escherichia coli".

Pri prevajanju sestavljenih izrazov včasih zasledim primere, ko študenti izpuščajo dele izraza, za katere ne vedo, kaj pomenijo ali jih ne znajo spraviti v povezavo z ostalim delom članka. Danes je tak primer 'inclusion bodies', kjer se v seminarju pojavlja samo izraz telo. To je seveda povsem narobe, saj ne gre za telo, pač pa za izraz, ki opisuje netopne citoplazemske vključke. Sestavljajo jih agregirane molekule rekombinantnega proteina in nekatere nečistoče. V slovenščini take vključke imenujemo inkluzijska telesca. Čeprav načeloma velja, da tujk po možnosti ne prevajamo z manjšalnicami, se v skladu z angleškim izvirnikom tu pogosteje uporablja beseda telesca, res pa včasih srečamo tudi prevod inkluzijska telesa.

V člankih raziskovalci večkrat poudarijo pomen svojih odkritij na način, ki ga v slovenščini uporabljamo le izjemoma. Tako na primer v današnjem članku piše, da je rekombinanti protein 'dramatično inhibiral rast tumorjev'. Takšna dramatičnost je gotovo nekoliko pretirana, zato bi zadoščalo reči, da 'močno zavira' rast.

Interaction of endostatin with integrin 51 implicated its potential targets for function so študenti prevedli z Integracija med endostatinom in integrinom 51 je kazala na potencialno tarčo za funkcijo (4,5) (jaz tudi ne vem katero funkcijo so mislili). Pripis v oklepaju je bil verjetno iskreni ostanek korespondence med pripravljalci seminarja. Morda bi bilo lažje, če bi članek brali bolj natančno in bi interaction prevedli z interakcija, ne pa z integracija. Prav bi bilo, če bi prevedli nekako takole: Interakcija med endostatinom in integrinom 51 kaže, na katere tarče endostatin verjetno deluje. Številke v oklepaju so kajpada sklici na vire v seznamu literature in jih v seminarju nima smisla navajati, se pa bojim, da tega današnji pripravljalci niso vedeli.

Vsega se seveda ne da prevesti dobesedno, včasih pa niti približno ne. Med lastnostmi bakterij E. coli avtorji navajajo 'well-characterized genetic background', kar so v seminarju študenti prevedli z 'visoko karakterizirano genetsko podlago'. Moj predlog je tu 'zelo dobro znana genetika', verjetno pa bi se dalo reči še kako drugače.

Pri pomanjkljivostih bakterij pa v seminarju piše, da 'velikokrat heterologni proteini ne morejo biti pravilno zviti in odloženi kot netopna inkluzijska telesca, in izkoristek na ta način je običajno nizek'. Zakaj ne bi napisali, da ' se pogosto heterolognih proteinov ne da pravilno zviti, če so odloženi kot netopna inkluzijska telesca, pa je izplen običajno majhen'. Tu nisem navedel angleškega originala, saj je v resnici nekoliko dvoumno napisan. Vseeno pa ob razumevanju postopka ne moremo prevesti da proteini 'ne morejo biti pravilno zviti in odloženi kot inkluzijska telesca', saj gre za dve nasprotujoči se stvari.

Yield v slovenščini pogosto napačno prevajajo kot izkoristek; pravilno je govoriti o izplenu. Izkoristek se nanaša na nek postopek, v katerega vstopamo s 100 % neke snovi, v več stopnjah čiščenja pa je nekaj izgubimo in končamo npr. s 50 -odstotnim izkoristkom izolacije (pri snetezah bi bilo razmišljanje nekoliko drugačno). Izpleni so absolutne vrednosti: začeli smo npr. s 50 mg snovi v zmesi z nečistočami, na koncu pa smo uspeli dobiti v čisti obliki le še 10 mg. Izplen je 10 mg, izkoristek pa je 20-odstoten. Če v nekem postopku dobimo malo končne snovi, običajno mislimo na količino (miligrame), ne na učinkovitost postopka (izkoristek oz. odstotke). Zato je v zgornem primeru bolj prav govoriti o majhnem izplenu kot izkoristku.

Pasivi! Ne vem, kako lahko napišete: Endostatin se je tudi proizvedel v kvasovkah, in topni endostatin se je pridobil(10)? Ali ni bolj logično in lepše: Endostatin so proizvedli tudi v kvasovkah in ga iz njih pridobili v topni obliki? Kadar se zalotite, da ste napisali pasiv, ga takoj poskusite obrniti v aktiv. Zelo redko se zgodi, da stavek postane težje razumljiv. Pustite angleški znanstveni jezik - seminar pišete za kolege.

Napak je toliko, da ne vem, kaj bi sploh še omenil, saj bi lahko napisal kot primer neposrečenega prevajanja skoraj vsak stavek, za povrhu pa pogosto zasledim še površnost pri pisanju. Recimo za ilustracijo tale stavek:

Po izražanju pogojev za idelovanje topljivega rhEndostatina so pripravili enostav ekonomsko purifikacijo za izdelavo rhEndostatina z amonijevim sulfatom s SP-sefarozno hitrotočno kromatografijo ter Sefardeks G75 kromatografijo zaporedno. (V izvirniku je bil stavek takle: After optimizing expression condition for the production of soluble rhEndostatin, we also developed a simple but economic purification procedure for rhEndostatin by ammonium sulfate precipitation, SP-Sepharose Fast Flow chromatography and Sephardex G75 chromatography sequentially.) Čeprav je res tudi v izvirniku ena črka odveč (Sephardex), pa je v slovenščini napak ogromno. Kam se je izgubilo obarjanje, zakaj purifikacija (čiščenje), ...? Po mojem bi se dalo stavek prevesti dokaj enostavno, na primer takole: Po tem, ko so optimizirali pogoje za pripravo topnega rh-endostatina, so razvili še preprost in cenovno ugoden postopek za njegovo čiščenje. Postopek vključuje obarjanje z amonijevim sulfatom, ki mu sledita kromatografija na SP-sefarozi "fast flow" in kromatografija na sefadeksu G75.

In še en primer: Vsi podatki so odlično zadržali zarodno neovaskularizacijo in angiogenezo kot je demonstrirano na krajih z 0,5; 1 in 2ug rhEndostatina. Štirje mikrogrami rhEndostatina zadržujejo krvno posodico in vodijo zarodno smrtnost piščanca. (Original: They all displayed significant inhibition of embryonic neovascularization and angiogenesis as demonstrated by large avascular zones caused by 0.5, 1 and 2 ug of rhEndostatin. Four micrograms of rhEndostatin inhibited blood vessel formation completely and lead to embyonic lethal of chicken.) Ponovno je sicer res, da so se avtorji članka (Kitajci) v zadnjem članku nekoliko nespretno izrazili, vendar je bilo jasno, kaj so hoteli povedati. Moj prevod bi bil: V vseh primerih so pri piščančjih zarodkih bistveno zmanjšali neovaskularizacijo in angiogenezo , saj je na mestih, kamor so nanesli 0,5 ug, 1 ug in 2 ug rh-endostatina nastalo obsežno območje brez žilic. Štirje mikrogrami rh-endostatina so v celoti zaustavili razvoj krvnih žilic in povzročili smrt piščančjih zarodkov.

Še dobro, da je tako slabih prevodov na leto samo par, sicer bi verjetno moral razmisliti o smiselnosti svojega početja...

Razumevanje

2005-12-18T23:20:00.000+01:00

Mogoče so članki, ki jih določim za seminarje res pretežki ali pa študentom manjka volje, da se vanje poglobijo, pa vendar običajno iz njih smiselno izločijo tisto, kar so prekomerne podrobnosti, s katerimi ni kaj početi.

Poskus obupnega navajanja vsake podrobnosti, ki je napisana v članku, običajno privede do stavkov brez glave in repa, pri katerih je povsem jasno, da pripravljalci seminarja niso imeli pojma, kaj v članku piše.

Tak primer je zadnji odstavek seminarja, za katerega sem porabil 4 ure, da sem ga popravil. Članek je govoril o proteinih, ki sodelujejo pri podvojevanju telomernih segmentov. Takole piše:

Ko se telomere na telomerazi krajšajo- v celica kvasovk, DNA DR vodi da G2/M celični cikel miruje to je uravnavano preko Mec1/Dcd2 in njihovih dodatnih faktorjev Rad24 in Dcd1/Rad17/Mec3 kompleksa, medtem ko Tel1 ni vključen v to. V nasportju kar vidimo kot odgovor na csc13 - preprečevanje škode, Rad9 ne aktivira kontrolorjev v od telomeraze odvisnih celicah, kar pomeni da mesto za preverjanje poškodb DNA - prepreči signale v telomerazi-in cdc13 mutanti so drugačni.

Brez besed.

Kaj naj naredijo študenti, ko se srečajo z deli, ki jih ne razumejo? Najslabše je seveda pasti v apatijo in prevajati dobesedno ("mogoče bo asistent vedel, kaj piše, meni se niti ne sanja").

Predlog 1:
Poskusite iz vsakega odstavka izpisati tisto, kar nedvomno razumete. Poskušajte ugotoviti, ali je tisto, česar ne razumete, sploh pomembno za seminar.
Če mislite, da je:
- poskusite najti podatke o procesu ali molekulah, o katerih govori članek, v kakšni bolj poljudni literaturi (učbenik ali zapiski predavanj običajno kakšnih bolj usmerjenih predmetov na internetnih straneh tujih univerz),
- vprašajte asistenta, za kaj gre (pri tem natančno navedite, za kateri odstavek gre): pošljite e-sporočilo ali se najavite na razgovor; najbolje, da si že vnaprej pripravite več vprašanj.

Predlog 2:
Poskusite napisati seminar brez podatkov, ki jih ne razumete in se šele na koncu, ko boste morda imeli bolj razjasnjeno sliko o članku, vrnite na nerazumljeni del. Lažje boste presodili, ali res vsebuje pomembne podatke oziroma ali je nujno, da jih vključite v končni seminar.

Encimi, inhibitorji, kromatografije

2005-12-11T14:36:00.000+01:00

Seminar, ki ga danes popravljam, govori o izolaciji neke proteinaze in žuželk.

Glede naslovov si pravzaprav še nisem razjasnil, ali naj vztrajam, da so resnično čim bolj natančen prevod izvirnika ali ne. Morda v primerih, ko so naslovi izredno zapleteni, res ni smiselno, da ima seminar točno tak naslov kot članek, ki je služil kot osnova. Tokrat pa ni bilo tako, saj je bil naslov "Kimotripsinu podobna proteinaza iz srednjega prebavila ličinke hrošča mokarja", vendar so študenti to poenostavili v "Proteinaze iz hrošča mokarja". No, bom videl, ali so se odločili napisati več kot je v članku ali je prevod čisto slučajno krajši.

Študenti so se potrudili, da se seminar ne bere kot dobeseden prevod angleškega članka, ki so ga dobili kot osnovo za pripravo. Čeprav je glavni namen seminarjev, da študenti predstavijo delo na način, da ga bodo razumeli njihovi kolegi iz letnika in torej ni treba, da bi navajali vse eksperimentalne podatke, ni nobenega razloga, da bi si kakšne podatke pri tem izmišljali. Tako na primer v članku piše, da so žuželke pred izolacijo ohladili v ledeni vodi, študenti pa so zapisali, da so žuželke ohladili na 1 °C. Domnevamo sicer lahko, da je bila temperatura blizu ledišča, ne vemo pa, ali so res počakali dovolj dobro, da so se žuželke v celoti ohladile ali ne. Res gre za malenkostno razliko, pa vendar.

Podoben je primer, kjer v semnarju piše, da je PMSF (nek organski inhibitor) specifičen za tripsin, kar pa v originalu ne piše in tudi v resnici PMSF deluje na več različnih serinskih proteinaz (pa tudi na nekatere cisteinske). Je pa res, da je bil odstavek napisan v smislu, češ, na izolirani encim je deloval PMSF in dva specifična proteinska inhibitorja, zato mislimo, da gre za tripsinski tip encima - vendar pa inhibicija s PMSF nakazuje samo, da gre za serinsko proteinazo.

Čeprav smo pri vajah govorili o ionsko-izmenjevalni kromatografiji kot kolonski kromatografiji, se v članku pojavi šaržna kromatografija. Kaže, da so ločevali samo nevezane proteine od vezanih, zato so (predpostavljam) nosilec prenesli v raztopino s heterogenim proteinskim vzorcem, nato pa so odcentrifugirali nevezane proteine, med katerimi je bil tudi iskani. Študenti so zadevo poenostavili in napisali, da so raziskovalci 'naredili kolonsko kromatografijo z DEAE anionskim izmenjevalcem na Sephadex A-50 nosilcu'. Ta prevod ima več napak, ne samo napačne domneve, da je člo za kolonsko kromatografijo. V angleškem članku je namreč pisalo, da je bil ekstrakt 'subjected to batch chromatographyon DEAE-Sephadex A50'. Torej, kromatografijo so izvedli na nosilcu DEAE-Sephadex A50, kar pomeni, da so na sicer inertni nosilec za gelsko filtracijo (Sephadex A-50) imeli vezane nabite skupine DEAE (dietilaminoetil) in na ta način vezali vse negativno nabite proteine, medtem ko so pozitivno nabiti ostali v nevezanem delu vzorca.

Tu in tam je v seminarju kakšna poenostavitev ali sled nepozornosti pri delu. Namesto 'aminokislinska sestava' (amino acid composition) je na primer v seminarju pisalo 'aminokislinsko zaporedje' (to pa je amino acid sequence), kar seveda ni eno in isto.

Pri navajanju kinetičnih lastnosti izoliranega encima sem prebral, da je Km substrata XXX 0, 5 mM. Čeprav je Km (Michaelis-Mentenova konstanta) res vezana na substrat, je to lastnost, ki jo pripisujemo encimu za nek substrat, zato bi bilo treba v slovenščini napisati, da je Km encima za substrat XXX 0,5 mM.

V članku med drugim avtorji omenjajo nenavadno lastnost encima, da ima 'veliko vezavno regijo' (extended binding region), kar so študenti prevedli z 'velika povezovalna regija'. Seveda je razlika med nečim povezovalnim (linking) in vezavnim (binding) in v članku gre za to, da je površina, na katero se veže substrat, večja kot pri nekaterih sicer podobnih encimih.

V članku sicer piše, da je bil encim neobčutljiv (insensitive) na ketonske inhibitorje, iz česar je v seminarju nastalo 'imun na ketonske inhibitorje'. Čeprav se v biokemijskih člankih včasih res pojavi pojem imunosti tudi v smislu odpornosti proti neki snovi, ima v slovenščini smisel govoriti o imunosti le v primerih, ko pri tem sodeluje imunski sistem. Pri interakcijah med encimi in inhibitorji pa gre za neposredno delovanje (brez imunskih molekul), zato je prav, da govorimo o odpornosti proti ali o neobčutljivosti za.

Pri kromatografijah je treba biti pozoren še na eno stvar in to razliko med gelsko kromatografijo in gelsko filtracijo. Gelska kromatografija je vsaka kromatografija, pri katerem kot nosilec uporabimo nek gel. Tako je na primer afinitetna kromatografija eden od tipov gelske kromatografije. Gelska filtracija (bolj pravilno 'kromatografija z ločevanjem po velikosti' - 'size exclusion chromatography') pa je prav tako samo vrsta gelske kromatografije. Če gre za gelsko filtracijo, je treba tudi ustrezno prevesti, ne pa uporabiti bolj splošnega izraza 'gelska filtracija'. [Če piše, da je Jože jedel jabolka, ne prevajamo, da je jedel sadje.]

Za določanje encimske aktivnosti v biokemiji zelo pogosto uporabljamo sintetične substrate, ki nam olajšajo določanje koncentracije nastalega produkta, saj ga lahko posredno merimo spektrofotometrično ali fluorimetrično. Seveda je res, da so sintetični substrati 'umetni' (kot so napisali študenti), torej ne naravni - to bi bili v primeru proteinaz lahko le proteini. Vseeno pa je govoriti o 'umetnih substratih' nenavadno (v angleščini bi pisalo 'artificial substrates'). Dosti bolj običajen izraz so 'sintetični substrati' (synthetic substrates) - enako velja za inhibitorje. Zanimivo pa je, da v angleškem članku ni pisalo ne eno ne drugo, pač pa samo okrajšave sintetičnih substratov.

Active site inhibitors lahko le pogojno predvedemo z 'inhibitorji aktivnega mesta'. Običajno govorimo le o inhibitorjih encimov, pri tako določnem izrazu, kot je ta, pa bi raje rekli, da gre za inhibitor, usmerjen v (ali na) aktivno mesto encima. Tako natančen izraz je smiseln le v primeru, ko bi lahko kdo predpostavil, da gre za inhibitor, ki deluje na primer na neko oddaljeno mesto na encimu ali pa na kompleks encim-substrat. Če inhibitor ni natančneje definiran, sklepamo, da je usmerjen v aktivno mesto.

Pri raziskavah so uporabili tudi več proteinskih inhibitorjev iz rastlin in živali, ki so jih predhodno sami izolirali. Študenti so napisali, da so jih 'izolirali in očistili'. O razliki med enim in drugim izrazom bi se dalo razpravljati, vendar mislim, da bi bilo dovolj reči, da so inhibitorje izolirali (=osamili iz heterogene mešanice). Izraza se pravzaprav po pomenu prekrivata. O izolaciji kot predstopnji dokončnega očiščenja proteina lahko govorimo na primer, ko najprej izoliramo celični razdelek, v katerem je iskani protein prisoten v večji množini.
V postopku izolacije, ki mu gotovo lahko rečemo tudi 'čiščenje' so z vsako stopnjo, ki so jo v postopku uporabili, dosegli določen faktor očiščenja (tega v člankih pogosto navajajo v razpredelnicah, kjer za vsako izvedeno stopnjo napišejo, kakšna je bila njena učinkovitost - pri tem količnik očiščenja pove, za kolikokrat se je povečala specifična aktivnost proteina glede na izhodiščni material). V angleščini lahko rečejo, da je bil protein 'purified 200-fold', kar sicer kaže na visoko stopnjo čistosti, ne pa nujno popolne. Če v slovenščini rečemo, da je protein 'očiščen', to pomeni, da je čist vseh nečistoč, glede na povedano pa je v angleščini 'purified' pravzaprav lahko tudi ne povsem čist protein. Seveda pa je čistost vedno tudi vprašanje uporabljenih metod za določanje prisotnosti nečistoč, zato so tovrstni izrazi in trditve o čistosti pravzaprav relativne.
Izraza se v angleški literaturi včasih pojavljata drug ob drugem (isolation and purification), iz česar moramo sklepati, da je isolation nadrejen pojem. Po drugi strani pa je težko potegniti jasno ločnico med pomenoma obeh izrazov, zato je dovolj uporabiti enega.

According to v angleščini pomeni (vsaj) dvoje: lahko gre za sklic na nek vir ali avtorja (npr. PAGE according to Laemli - to prevedemo s PAGE po Laemliju) ali pa se nanaša na rezultat, ki so ga dobili neko metodo (npr. molecular mass was 20 kDa according to SDS-PAGE, kar lahko prevedemo kot: molekulsko maso so določili na osnovi SDS-PAGE in je bila 20 kDa). Prevajanje 'according to' z 'glede na' je le redko smiselno.

Hudo

2005-12-07T08:55:00.000+01:00

Zdaj popravljam seminar, ki je tako obupen, da naj citiram samo en stavek, ki bo dovolj ilustrativen:

Nedavno so gobe začele izvabljati povišano pozornost, saj so bile prepoznane kot naravna hrana z zdravilno-dražajočimi in medicinskimi učinki.

In te vrste slovenščine je skupaj osem strani... težko je delo asistentov.

Mimogrede: v originalu je bil zgornji stavek napisan takole: Recently, mushrooms have begun to elicit increasing attention, as they have been recognized as nutritious food, with health-stimulating properties and medicinal effects.

Slovarji in biokemija

2005-12-02T16:13:00.000+01:00

Letos je moj priljubljen naslov seminarja:

angleščina (plus) slovar (ni enako) slovenščina

To sem na urah s študenti pokazal na številnih primerih iz prakse. Ker pa seveda vseh 'pasti' prevajanja iz biokemije ni mogoče obdelati v 15 urah, jih bo na teh straneh še precej.

Pa začnimo z izrazom digest.

Naslov članka je bil:
Thermostability and in vitro digestibility of XXX
Digestibility je res redka beseda in v slovarju skoraj gotovo piše "prebavljivost" (če je ta beseda sploh v slovarju). Digestion je res prebava. Študenti so naslov prevedli Temperaturna stabilnost in "in vitro" prebava XXX. Seveda se prebava v naslovu sliši vsaj nekoliko čudno in sprva sem menil, da v tem kontekstu to tudi ni ravno prava beseda.
V angleščini je v biokemiji digestion predvsem razgradnja, čeprav seveda kadar govorimo o prebavi lahko pomeni tudi prebavo. Vendar pa je bolj pogosta raba v smislu razgradnje makromolekul: AAA was digested with trypsin pomeni, da so (protein) AAA razgradili s tripsinom, verjetno pa so nato analizirali razgradne produkte.
V resnici pa je v članku, ki je bil tema seminarja, izraz prebava vendarle bil na mestu, ker so raziskovalci izolirani protein XXX inkubirali najprej 2 uri v želodčnem soku, nato pa še 2 uri v tekočini, ki so jo predhodno izolirali iz dvanajstnika. Tokrat je torej izraz prebava bil na mestu, vendar so tovrstni biokemični poskusi sorazmerno redki. Pogosteje izvajajo razgradnjo z izoliranimi encimi in namen ni preveriti, kaj se zgodi s proteinom v prebavilu, pač pa, kakšni fragmenti nastanejo po cepitvi proteina na manjše dele.

Characterize
Characterize običajno v biokemiji poslovenimo z okarakterizirati, kar je daleč od lepe slovenščine. Vendar pa so bolj slovenske alternative dosti preozke po pomenu. Lahko bi morda rekli opredeliti ali mogoče opisati, študenti v seminarju, ki ga imam pred sabo, so uporabili izraz označiti. Vendar pa pod okarakterizirati (characterization je torej karakterizacija) takoj razumemo, da gre za biokemijsko karakterizacijo, torej opis na osnovi biokemijskih, biofizikalnih in podobnih metod. Še najbližje bi bil slovenski izraz določiti lastnosti, da gre za biokemijsko določitev značilnosti pa bo verjetno razvidno iz konteksta, saj tudi angleški izvirnik pravzaprav nič ne govori o tem, za kakšne vrste opis gre.

Uvod v seminarski blog

2005-12-02T16:07:00.000+01:00

Že drugo leto vodim seminarje iz biokemije za študente kemije in biokemije. Najprej pol semestra predavam, skušam prikazati različne zanimivosti, poskušam navajati študente, da se pravilno lotevajo raziskovalnih člankov in jih opozarjam na pogoste napake pri prevajanju biokemijskih izrazov v slovenščino. Ker je pol semestra premalo, se seveda v seminarjih, ki jih pripravljajo študenti, pojavlja še veliko napak.

Namen tega bloga (bloka) je, da opozorim na nekatere napake, ki se kljub temu, da sem jih omenil pri urah, ponavljajo, ali pa ni bilo časa, da bi jih obdelal skupaj s študenti. Morda bo komu od obiskovalcev teh strani olajšalo delo pri pripravi seminarjev ali drugih sestavkov v biokemiji, predvsem tistih, ki temeljijo na angleški literaturi.