Encimi, inhibitorji, kromatografije

Seminar, ki ga danes popravljam, govori o izolaciji neke proteinaze in žuželk.

Glede naslovov si pravzaprav še nisem razjasnil, ali naj vztrajam, da so resnično čim bolj natančen prevod izvirnika ali ne. Morda v primerih, ko so naslovi izredno zapleteni, res ni smiselno, da ima seminar točno tak naslov kot članek, ki je služil kot osnova. Tokrat pa ni bilo tako, saj je bil naslov "Kimotripsinu podobna proteinaza iz srednjega prebavila ličinke hrošča mokarja", vendar so študenti to poenostavili v "Proteinaze iz hrošča mokarja". No, bom videl, ali so se odločili napisati več kot je v članku ali je prevod čisto slučajno krajši.

Študenti so se potrudili, da se seminar ne bere kot dobeseden prevod angleškega članka, ki so ga dobili kot osnovo za pripravo. Čeprav je glavni namen seminarjev, da študenti predstavijo delo na način, da ga bodo razumeli njihovi kolegi iz letnika in torej ni treba, da bi navajali vse eksperimentalne podatke, ni nobenega razloga, da bi si kakšne podatke pri tem izmišljali. Tako na primer v članku piše, da so žuželke pred izolacijo ohladili v ledeni vodi, študenti pa so zapisali, da so žuželke ohladili na 1 °C. Domnevamo sicer lahko, da je bila temperatura blizu ledišča, ne vemo pa, ali so res počakali dovolj dobro, da so se žuželke v celoti ohladile ali ne. Res gre za malenkostno razliko, pa vendar.

Podoben je primer, kjer v semnarju piše, da je PMSF (nek organski inhibitor) specifičen za tripsin, kar pa v originalu ne piše in tudi v resnici PMSF deluje na več različnih serinskih proteinaz (pa tudi na nekatere cisteinske). Je pa res, da je bil odstavek napisan v smislu, češ, na izolirani encim je deloval PMSF in dva specifična proteinska inhibitorja, zato mislimo, da gre za tripsinski tip encima - vendar pa inhibicija s PMSF nakazuje samo, da gre za serinsko proteinazo.

Čeprav smo pri vajah govorili o ionsko-izmenjevalni kromatografiji kot kolonski kromatografiji, se v članku pojavi šaržna kromatografija. Kaže, da so ločevali samo nevezane proteine od vezanih, zato so (predpostavljam) nosilec prenesli v raztopino s heterogenim proteinskim vzorcem, nato pa so odcentrifugirali nevezane proteine, med katerimi je bil tudi iskani. Študenti so zadevo poenostavili in napisali, da so raziskovalci 'naredili kolonsko kromatografijo z DEAE anionskim izmenjevalcem na Sephadex A-50 nosilcu'. Ta prevod ima več napak, ne samo napačne domneve, da je člo za kolonsko kromatografijo. V angleškem članku je namreč pisalo, da je bil ekstrakt 'subjected to batch chromatographyon DEAE-Sephadex A50'. Torej, kromatografijo so izvedli na nosilcu DEAE-Sephadex A50, kar pomeni, da so na sicer inertni nosilec za gelsko filtracijo (Sephadex A-50) imeli vezane nabite skupine DEAE (dietilaminoetil) in na ta način vezali vse negativno nabite proteine, medtem ko so pozitivno nabiti ostali v nevezanem delu vzorca.

Tu in tam je v seminarju kakšna poenostavitev ali sled nepozornosti pri delu. Namesto 'aminokislinska sestava' (amino acid composition) je na primer v seminarju pisalo 'aminokislinsko zaporedje' (to pa je amino acid sequence), kar seveda ni eno in isto.

Pri navajanju kinetičnih lastnosti izoliranega encima sem prebral, da je Km substrata XXX 0, 5 mM. Čeprav je Km (Michaelis-Mentenova konstanta) res vezana na substrat, je to lastnost, ki jo pripisujemo encimu za nek substrat, zato bi bilo treba v slovenščini napisati, da je Km encima za substrat XXX 0,5 mM.

V članku med drugim avtorji omenjajo nenavadno lastnost encima, da ima 'veliko vezavno regijo' (extended binding region), kar so študenti prevedli z 'velika povezovalna regija'. Seveda je razlika med nečim povezovalnim (linking) in vezavnim (binding) in v članku gre za to, da je površina, na katero se veže substrat, večja kot pri nekaterih sicer podobnih encimih.

V članku sicer piše, da je bil encim neobčutljiv (insensitive) na ketonske inhibitorje, iz česar je v seminarju nastalo 'imun na ketonske inhibitorje'. Čeprav se v biokemijskih člankih včasih res pojavi pojem imunosti tudi v smislu odpornosti proti neki snovi, ima v slovenščini smisel govoriti o imunosti le v primerih, ko pri tem sodeluje imunski sistem. Pri interakcijah med encimi in inhibitorji pa gre za neposredno delovanje (brez imunskih molekul), zato je prav, da govorimo o odpornosti proti ali o neobčutljivosti za.

Pri kromatografijah je treba biti pozoren še na eno stvar in to razliko med gelsko kromatografijo in gelsko filtracijo. Gelska kromatografija je vsaka kromatografija, pri katerem kot nosilec uporabimo nek gel. Tako je na primer afinitetna kromatografija eden od tipov gelske kromatografije. Gelska filtracija (bolj pravilno 'kromatografija z ločevanjem po velikosti' - 'size exclusion chromatography') pa je prav tako samo vrsta gelske kromatografije. Če gre za gelsko filtracijo, je treba tudi ustrezno prevesti, ne pa uporabiti bolj splošnega izraza 'gelska filtracija'. [Če piše, da je Jože jedel jabolka, ne prevajamo, da je jedel sadje.]

Za določanje encimske aktivnosti v biokemiji zelo pogosto uporabljamo sintetične substrate, ki nam olajšajo določanje koncentracije nastalega produkta, saj ga lahko posredno merimo spektrofotometrično ali fluorimetrično. Seveda je res, da so sintetični substrati 'umetni' (kot so napisali študenti), torej ne naravni - to bi bili v primeru proteinaz lahko le proteini. Vseeno pa je govoriti o 'umetnih substratih' nenavadno (v angleščini bi pisalo 'artificial substrates'). Dosti bolj običajen izraz so 'sintetični substrati' (synthetic substrates) - enako velja za inhibitorje. Zanimivo pa je, da v angleškem članku ni pisalo ne eno ne drugo, pač pa samo okrajšave sintetičnih substratov.

Active site inhibitors lahko le pogojno predvedemo z 'inhibitorji aktivnega mesta'. Običajno govorimo le o inhibitorjih encimov, pri tako določnem izrazu, kot je ta, pa bi raje rekli, da gre za inhibitor, usmerjen v (ali na) aktivno mesto encima. Tako natančen izraz je smiseln le v primeru, ko bi lahko kdo predpostavil, da gre za inhibitor, ki deluje na primer na neko oddaljeno mesto na encimu ali pa na kompleks encim-substrat. Če inhibitor ni natančneje definiran, sklepamo, da je usmerjen v aktivno mesto.

Pri raziskavah so uporabili tudi več proteinskih inhibitorjev iz rastlin in živali, ki so jih predhodno sami izolirali. Študenti so napisali, da so jih 'izolirali in očistili'. O razliki med enim in drugim izrazom bi se dalo razpravljati, vendar mislim, da bi bilo dovolj reči, da so inhibitorje izolirali (=osamili iz heterogene mešanice). Izraza se pravzaprav po pomenu prekrivata. O izolaciji kot predstopnji dokončnega očiščenja proteina lahko govorimo na primer, ko najprej izoliramo celični razdelek, v katerem je iskani protein prisoten v večji množini.
V postopku izolacije, ki mu gotovo lahko rečemo tudi 'čiščenje' so z vsako stopnjo, ki so jo v postopku uporabili, dosegli določen faktor očiščenja (tega v člankih pogosto navajajo v razpredelnicah, kjer za vsako izvedeno stopnjo napišejo, kakšna je bila njena učinkovitost - pri tem količnik očiščenja pove, za kolikokrat se je povečala specifična aktivnost proteina glede na izhodiščni material). V angleščini lahko rečejo, da je bil protein 'purified 200-fold', kar sicer kaže na visoko stopnjo čistosti, ne pa nujno popolne. Če v slovenščini rečemo, da je protein 'očiščen', to pomeni, da je čist vseh nečistoč, glede na povedano pa je v angleščini 'purified' pravzaprav lahko tudi ne povsem čist protein. Seveda pa je čistost vedno tudi vprašanje uporabljenih metod za določanje prisotnosti nečistoč, zato so tovrstni izrazi in trditve o čistosti pravzaprav relativne.
Izraza se v angleški literaturi včasih pojavljata drug ob drugem (isolation and purification), iz česar moramo sklepati, da je isolation nadrejen pojem. Po drugi strani pa je težko potegniti jasno ločnico med pomenoma obeh izrazov, zato je dovolj uporabiti enega.

According to v angleščini pomeni (vsaj) dvoje: lahko gre za sklic na nek vir ali avtorja (npr. PAGE according to Laemli - to prevedemo s PAGE po Laemliju) ali pa se nanaša na rezultat, ki so ga dobili neko metodo (npr. molecular mass was 20 kDa according to SDS-PAGE, kar lahko prevedemo kot: molekulsko maso so določili na osnovi SDS-PAGE in je bila 20 kDa). Prevajanje 'according to' z 'glede na' je le redko smiselno.